מקובל לחלק את הפרוצדורה הפלילית בישראל לכמה חלקים עיקריים, שכולם מתחילים בפני רשויות החקירה והתביעה (תלונה, חקירה, העמדה לדין, שימוע וכו’), סמכויות אכיפה (מעצרים, חיפושים, הסגרות וכו’), הליכי המשפט (הקראה, טענות מקדמיות, הוכחות, סיכומים, טיעונים לעונש וכו’), הליכי תקיפה (ערעור, משפט חוזר, דיון נוסף וכו’).
השלבים המרכזיים בהליך
הגשת תלונה: מסירת מידע לחוקר משטרתי, במהלכו ישאל המתלונן אם יוכל לנקוב בשמו של חשוד, או בשמם של חשודים. לאחר הגשת התלונה יוכל המתלונן לעקוב אחרי שלבי הטיפול בה באמצעות מערכת מידע לנפגעי עבירה באינטרנט. המידע בתלונה יטופל בהתאם לפקודות המטה הארצי.
חקירה בהתאם לחוק סדרי הדין, חקירת חשודים: בשלב זה תתבצע חקירת עדים, ולהבדיל חשודים המחייבת אזהרת הנחקר, הבהרת טיב העבירה, וזכותו לא להשיב או להיוועץ בעורך דין. גם שלב זה ראשוני מחייב לעתים את השוטר להסתייע בייעוץ משפטי של נציגי פרקליטות המדינה או עורך דין המשמש תובע משטרתי. בסמכות המשטרה לבצע עיכוב עדים, או מעצר נחקרים באישור שופט. החוק מחייב לתעד שלב זה באופן חזותי, בהקלטה או בכתב “באופן שישקף נכונה את המתרחש בחקירה”, כדי למנוע טענות אודות הוגנות ההליך. לפי הוראת שעה, חקירות בעבירות ביטחון, אינן מחייבות תיעוד חזותי ולא תיעוד קולי.
גילוי חומרי החקירה לנאשם: כאשר בכוונת התביעה להגיש כתב אישום, עליה להעביר את מלוא חומרי החקירה לנאשם, בהתאם לסעיף 74 לחוק סדר הדין הפלילי. זאת במטרה לאפשר הליך הוגן, ולצורך מתן אפשרות שימוע בניסיון לשכנע להימנע מהגשת כתב אישום.
קביעת ערכאה, וההרכב (מותב) שידון בתיק: עבירות שעונשן עד שבע שנות מאסר יידונו בבית משפט השלום. עבירות שעונשן בין שבע לעשר שנות מאסר, ידונו בבית המשפט מחוזי בפני דן יחיד. עבירות שעונשן עשר שנים ויותר, יידונו בפני הרכב בלתי זוגי של שלושה שופטים. חריגים לכללים אלה מפורטים בחוק בתי המשפט.
הקראת כתב אישורם לנאשם: שלב ראשוני שנועד לקבל את תשובות הנאשם, לשאלות שיציג לו שופט: האם כופר באשמה, מודה, מכחיש או מאשר חלק מהעובדות, וכדומה. במעמד זה נערך דיון שנועד לחדד את המחלוקות שיידונו בהמשך הליך, בין התובע לנאשם. בשלב זו נהוג להעלות טענות מקדמיות: התיישנות, חסינות, ‘הגנה מן הצדק’ ועוד בהתאם להוראות סעיף 149 לחוק. חלקים מדיון זה נהוג שלא לרשום בפרוטוקול, והשופט בפניו מתנהל שלב זה, איננו זה שידון בהליכים בהמשך.
חקירות עדים: שלב זה ייפתח על ידי הצד שנטל ההוכחה חל עליו, ובהליך פלילי רשויות התביעה- נציג פרקליטות המדינה או תובע משטרתי. עדים להוכחת האשמה יציגו ראשונים את גרסתם ב’חקירה ראשית’ שתנוהל על ידי נציג התביעה. אחר כך ישיבו לשאלות הסניגור ב’חקירה נגדית’, שמטרתה להציב סימני שאלה, להציף סתירות בגרסת עדי התביעה, לחדד ולבאר נתונים המסייעים לנאשם. לעתים בסיום ה’חקירה הנגדית’ תבקש התביעה ‘חקירה חוזרת’, בניסיון לתקן פגיעה במהימנות העד. שלב זה מכונה בחוק ‘פרשת התביעה’. במקרים שבהם במהלכו לא הוכחה האשמה אפילו לכאורה, יכול בית המשפט לזכות את הנאשם לפי סעיף 158 לחוק. אם לא זוכה הנאשם לפי סעיף זה, השלב הבא הוא ‘פרשת ההגנה’ ובו תוצג גרסת הנאשם באמצעות עדים מטעמו. חקירתם תתנהל בשלבים דומים: חקירה ראשית, נגדית, וחוזרת. חקירת העדים נקראת גם ‘שלב ההוכחות’, והיא מתנהלת בהתאם לפקודת הראיות.
הגשת סיכומים: התביעה וההגנה יסכמו עמדתם, בהתאם לציטוטי העדים בפרוטוקול, הראיות, ותקדימים בפסיקה: הנוהג הוא הגשת סיכומים בכתב, ולאחריהם השלמת טיעונים בעל פה. עם זאת, בתי משפט יעדיפו פעמים רבות קבלת סיכומים בעל פה מטעמי יעילות וחיסכון בזמן שיפוטי.
הכרעת דין: החלטת בית המשפט ונימוקיו, באשר לזיכוי או הרשעה בכל אחד מסעיפי האישום בנפרד. בתוך 30 ימים משמיעת הסיכומים או הגשתם בכתב, יקבע בית המשפט מועד להקראת הכרעת הדין והגשתה לצדדים בתיק; נשיא בית המשפט רשאי להאריך את התקופה מטעמים מיוחדים. בית המשפט יקרא את הכרעת הדין ונימוקיו בפומבי, או לחלופין ימסור העתק לנאשם ויקריא את עקרי הכרעתו. במקרה של זיכוי, יודיע בית המשפט על כך בתחילת ההקראה, והכרעת הדין מהווה גם גזר דין, וביחד פסק דין.
טיעונים לעונש: במקרה של הרשעה בסעיפי האישום, כולם או מקצתם, יציגו הצדדים טיעונים לעונש. תחילה נימוקי התביעה ונתוניה באשר להרשעות קודמות, תקדימים, ההקשר הנורמטיבי, ולאחר מכן יובאו נימוקי הגנת הנאשם, כולל עדי אופי, תסקיר קצין מבחן, וכדומה. שלב זה מתקיים בכפוף לתיקון 113 לחוק העונשין.
גזר דין: בית המשפט קובע את העונש, תוך מתן הסבר ונימוקים. בתום גזר הדין יסביר השופט לנאשם את זכותו לערער, ויודיע לו מהו המועד להגשת ערעור. הכרעת הדין וגזר הדין מהווים יחד את פסק הדין.
קיימים הליכים נוספים ומורכבים בהליך הפלילי, אולם אלו אינם מובאים בעמוד זה.